Modellering av biologiska system

Mål

Målet är att studenterna ska kunna tillägna sig och utnyttja grundläggande kunskaper om matematiska och statistiska modeller för tillämpade och teoretiska problem i ekologi och biologi samt praktiskt kunna bygga upp och använda modeller i programspråket R. Studenterna skall efter avslutad kurs kunna hantera de fyra stegen:

• Formulera och konstruera en matematisk modell utifrån en muntlig beskrivning av kända experimentella relationer,
• Matematiskt analysera och tillämpa en modell, och
• Värdera och bedöma den matematiska analysen i relation till den experimentella kunskapen.
• Presentera modellen och dess resultat.

Den studerande skall efter avslutat kurs förväntas studenterna genomföra grundläggande programmeringsuppgifter och visualiseringsuppgifter i R.

Kursen syftar också till att ge studenten avancerade kunskaper om begrepp och teorier inom samhällsekologin samt hur dessa tillämpas på aktuella natur- och miljövårdsproblem.

Innehåll

Grundläggande programmering i R så som; förtrogenhet med standardfunktioner som finns i R, skapa sina egna funktioner i R, användning av R för analys av stora datamängder, samt visualisering av data i R.

De modeller som kommer att behandlas är; modeller i diskret och kontinuerlig tid, deterministiska och stokastiska modeller.

Presentationsteknik.

Kursen behandlar också ekologiska samhällens struktur och dynamik i tid och rum samt hur ekologiska system reagerar på olika typer av störningar.