Bioinformatik

Mål

Kursen avser att ge grundläggande kunskaper i bioinformatik, närmare bestämt om teorier och praktiska tillämpningar av datorbaserade metoder för analyser av nukleotid- och proteinsekvenser samt för studier av proteiners strukturer. Det handlar både om teoretisk förståelse samt färdigheter i att praktiskt hantera metoderna. Kursen ska också visa hur ämnet utvecklas genom exempel från forskningens frontlinje.

Efter väl inhämtad kurs ska du kunna:

• söka, analysera och tolka data från relevanta biologiska databaser
• använda och tolka resultat från bioinformatiska metoder
• planera för nya bioinformatiska problem och kunna lösa dessa genom att kombinera verktygen som du lär dig i kursen.

Innehåll

Datorbaserade metoder för att analysera nukleotid- och proteinsekvenser samt för att studera proteiners struktur. Databaser och metoder för databassökningar (t.ex UniProt och PDB), sekvensjämförelser, sekvenslinjering (RNA, DNA och protein), multipla sekvensjämförelser och multipla sekvenslinjeringar, sekvensmönster, evolution, proteindomäner och proteinstruktur. Användning av bioinformatiska verktyg för funktionell karakterisering av gener och proteiner. Proteinstruktur och molekylär modellering. Delar av kursen belyser både de underliggande teoretiska modellerna och de biologiska och bioteknologiska tillämpningarna av de presenterade metoderna och datorprogrammen.