Proteomik

Mål

Kursens syfte är att ge en bred kunskap om frågeställningar och metoder inom proteomikområdet. Många av de metodologiska grundprinciperna har introducerats i tidigare kurser, men här får studenten insikt i hur de används inom ett mycket expansivt forskningsfält: Global proteomkarakterisering med avseende på proteinernas förekomst, funktion, interaktioner och lokalisering i olika celltyper. Ett avsnitt om transkriptomik ingår också. För godkänd kurs ska studenten kunna

• beskriva och värdera metoder och strategier för transkriptom- och proteomanalys
• identifiera proteiner med hjälp av masspektra och genomdatabaser
• på engelska sammanfatta innehållet och tolka budskapet i originallitteratur inom kursens område

Innehåll

Kvantitativ mRNA-analys med hjälp av DNA-mikroarrayer, qPCR och metoder baserade på Next Generation Sequencing. En- och flerdimensionella gel- och kromatografibaserade separationsmetoder för proteiner och peptider. Identifiering av proteininnehåll i celler m h a enzymatisk klyvning, MS- och MS/MS-analys samt sökning i genomdatabaser. Inmärkningsbaserad respektive inmärkningsfri proteinkvantifiering baserad på MS och MS/MS. Analys av posttranslationella modifieringar. Analys av protein-proteininteraktioner med bl a Y2H-metodik, affinitetskromatografi och proteinmikroarrayer. Användning av immunoassays i proteomiktillämpningar. Karakterisering av sjukdomsberoende proteomförändringar för biomarkörbaserad diagnostik inklusive några grundläggande principer för dataanalys. Analys av enskilda celler. Human Proteome Atlas.